تحصیلات ابتدایی را در دبستان سپهر و دوران راهنمایی و دبیرستان را در مدرسه هاتف گذراند. پدر وی که از معتمدین محل محسوب می شد مسئولیت هیئت محل را نیز بر عهده داشت. خمیر مایه اعتقادی وی از همان دوران کودکی و نوجوانی و با شرکت در جلسات مذهبی شکل گرفت.
سید مرتضی در کنار تحصیل و کار, از ورزش نیز غافل نبود و به طور مستمر به کونگ فو, کشتی, ورزش های باستانی, فوتبال و دومیدانی می پرداخت. به منظور تکمیل زبان انگلیسی در ایام جوانی به صورت مداوم به انجمن ایران و آمریکا که در محل خیابان عباس آباد کنونی واقع بود می رفت و این مبنایی شد برای ادامه تحصیلات در خارج از کشور. به همین منظور در امتحانات اعزام دانشجو به خارج از کشور شرکت کرده و جزء پنج درصد قبولی ها از طریق وزارت علوم اعلام نهایی گردید. در سن ۱۹ سالگی راهی آمریکا شد و در ابتدا به دانشگاه کلرادو رفت. سید مرتضی در آمریکا نیز در کنار تحصیل مجبور بود به تنهایی هزینه شخصی خود را تامین کند.
وی در کنار تحصیل و کار از فعالیت های فرهنگی غافل نبود و در همان ایام جزء فعالین انجمن اسلامی دانشجویان آمریکا و کانادا بود. بعد از دو سال به منظور حضور در محیط علمی قوی تر و بهره بردن از اساتید متخصص وارد دانشگاه ایالتی کنتاکی شد. وی در تمام مدت تحصیل مشغول به کارهای مختلفی از قبیل توزیع روزنامه, کار در رستوران و انبار داری بود تا بتواند هزینه های زندگی و تحصیل خود را فراهم کند. بعد از اخذ مدرک لیسانس بلافاصله وارد مقطع فوق لیسانس می شود. همزمان با قبولی در مقطع فوق لیسانس دیگر مجبور به کار در محیط بیرون از دانشگاه نبود و در همان دانشگاه برای امرار معاش به کارهای تخصصی در آزمایشگاه و یا به عنوان حل تمرین دروس مشغول شد. سید مرتضی در راستای فعالیت های فرهنگی و سیاسی انجمن اسلامی دانشجویان آمریکا و کانادا , هر هفته دو ساعت برنامه در کانال تلویزیونی محلی پخش می کرد.
بعد از اخذ مدرک فوق لیسانس در سال ۱۳۵۶ به وطن مراجعت می کند. در ایران مدتی به استخدام شرکت نفت آبادان درآمد و بعد از آن در سازمان انرژی اتمی در تهران مشغول به کار شد اما چون محیط آنجا با روحیاتش سازگار نبود به شرکت ذوب آهن اصفهان می پیوندد و تا اواخر بهمن ماه سال ۱۳۵۶در آنجا می ماند. سید مرتضی از تاریخ ۱۵ فروردین ۱۳۵۷ به عضویت هیئت علمی دانشگاه صنعتی اصفهان در می آیدو در همین سال ازدواج می کند. حاصل این ازدواج ۶ فرزند می باشد.
با پیروزی انقلاب اسلامی و در سال ۱۳۵۸ و همزمان با انقلاب فرهنگی و به تبع آن تعطیلی دانشگاه ها در جهاد دانشگاهی به فعالیت مشغول شد و مسئولیت کمیته برق جهاد دانشگاهی را تا اوایل سال ۱۳۶۰ برعهده گرفت. شروع کار اجرایی وی را باید از این سال قلمداد کرد. بعد از آن به سمت معاونت اداری و مالی دانشگاه صنعتی منصوب می شود. یک سال بعد با توجه به شرایط خاص دانشگاه اصفهان با حکم وزیر فرهنگ و آموزش عالی و همزمان با اینکه عضو هیئت علمی دانشگاه صنعتی اصفهان بود, به سمت ریاست دانشگاه اصفهان و علوم پزشکی در می آید. یعنی جوان ترین رئیس دانشگاه در تاریخ ایران. خیلی از اساتید و حتی دانشجویان از نظر سنی از او بزرگتر بودند. این سال همزمان است با تغییر و تحولات بنیادین در دانشگاه ها و جوّ بسیار ملتهب و پرفشار آن روزهای جامعه.
در سال ۱۳۶۴ برای ادامه تحصیلات در مقطع دکتری مجددا عازم آمریکا شد و توانست در مدت ۳.۵ سال مدرک دکتری خود را در رشته مهندسی برق – گرایش ماشین های الکتریکی – از دانشگاه ایالتی کنتاکی دریافت کند. دکتر سقائیان نژاد در سال ۱۳۶۸ به وطن بر می گردد و بعد از چند ماه در مهرماه همان سال به ریاست دانشگاه صنعتی اصفهان منصوب می گردد. در طول مدت ۸.۵ سال ریاست ایشان بر دانشگاه صنعتی اصفهان, تحولات عظیمی در جنبه های مختلف علمی, تحقیقاتی, عمرانی و … رخ داد و حقیقتاً این دانشگاه دوران اوج شکوفایی و پیشرفت خود را در این دوران تجربه کرد.
